生化分析仪对水质有严格的要求，水的质量直接影响到实验结果和医疗设备的使用期限和试验结果的正确性。纯化水制备的常用方法可分为蒸馏法、往离子法和逆渗透法，这三种方法各有利弊，最好的方式是将三类方法作不同的组合，以达到实验室的要求。蒸馏法只能往除非挥发性的物质，很多挥发性的物质仍会通过蒸馏管进进蒸馏水中，加上制水过程耗能大及冷凝水消耗多，尚不是理想纯化水的方法。往离子水的制备是使水通过离子交换树脂柱以往除阳离子及阴离子，往离子水的电阻可达10MΩ以上，树脂的效能愈高，电阻也愈大，通常不提倡生化检验直接用离子交换水。

    一般用蒸馏法制备的水为供水源，经离子交换柱后可获得较好的实验用水。逆渗透水是通过加压使水渗透过极微小的渗透膜，水经过期能除往大量的不纯物质，但仍有少量无机离子和有机化合物残留。由活性碳盒、往离子树脂柱、滤孔膜过滤单元及逆渗透单元所组合而成的纯水系统是较好的纯水制造系统，纯水系统制造的纯化水，可达到或超过国内一级水标准。

    纯水的纯度检查一般包括电阻率、可溶性硅和细菌含量。临床实验室用水，一般选用二级，特殊实验如酶学测定或科研用水应选一级水。三级水则用作仪器、器皿经自来水冲洗后的再冲洗。用一级水进行的实验不得用次级水稀释标本和配制标准液。酶活性测定应该用一级水，次级水中如含有重金属铅、铜或锌，将会使酶活性受到影响。