血细胞分析仪刚面世时清洗靠人工浸泡或使用毛刷清洗，假如测定完一个很高值的标本，则需要用空缺液清洗一下，以防止对下一个标本的携带污染。通过多年不断的改革创新，现在很多医疗设备在完成一个标本的检测后可自动对计数小孔、管道进行冲洗，还可同时对取样器、稀释器、取样针内外进行全面清洗，减少交叉污染的机会。很多仪器在开机和关机时可自动执行清洗程序或按事先设定的清洗程序进行定时清洗，保证仪器正常工作。

    小孔管技术的改进
    小孔管是血细胞分析仪进行计数的关键部件，早期的仪器一般仅有一个直径为100μ的小孔管，多使用宝石经过激光精确打孔，然后镶嵌在玻璃支撑物上。现在多数电阻法仪器的小孔管在白细胞检测上使用直径为100μ的小孔管，在红细胞和血小板检测上使用直径为60～80μ的小孔管，材料有宝石和特殊陶瓷等构成。例如经典的COULTER外置式小孔管，当发生堵孔时可用毛刷清理或直接拆下来清洗。早期的小孔管一般暴露在外边，其主要目的是便于人工清洗，多为单管方式，进行白细胞到红细胞计数转换时最好清洗一下。

    扫流技术（SweepFlow）
    为减少已通过计数小孔后由于液流的回流而重新返回计数区造成重复计数，在小孔后面增加一个扫流液系统，将计数过的细胞通过扫流液冲进废液管道。

    防反流装置（VonBehrens）
    为防止细胞返回到计数敏感区，在小孔后面加一个带孔的挡板，用负压将已经计数过的细胞阻挡后直接收集到废液管道中。

    水动力聚集技术(HydrodinamicFocusing)
    是目前以为最为有效的方法，也叫鞘流技术。它利用流体动力学原理，既可保证细胞位于鞘液中心并排成一列通过检测孔中心或通过激光束中心，又保证它不会返回敏感区，目前很多高级的血液分析仪一般采用此种技术。