目前血细胞分析仪的使用已经非常广泛，任何一台血细胞分析仪都会有故障，而简单的医疗设备故障处理方法和程序将给用户带来方便。随着科技的不断发展，血细胞分析仪各种故障处理功能也有了很大进步，即便操作经验少的工作人员也可以轻松应对。

    堵孔的处理
    堵孔为最常见原因，在没有处理程序前，人们是通过毛刷来清洗小孔的。后来仪器设置了自动排堵功能，通过负压或正压，使用清洗剂对小孔的内外进行强力冲洗来排除堵孔。后来发展为燃烧电路，对小孔局部增加高电压，使得堆积在小孔四周的蛋白质等杂质变质和灼烧，然后用清洗液冲洗干净。

    自动报警功能
    仪器可在开机或运行期间对仪器本身的温度、压力、液流系统、试剂、电子系统、光路系统等各个需要控制的部件进行监控，一旦超过标准或出现故障，仪器可以显示这个故障和记录这个故障，并在手册或软件中增加排除故障的方法先容。

    远程诊断系统
    更加先进的设备可以通过Internet网络和仪器生产厂家在网络上建立联系，可以将你的故障和题目直接传送到仪器厂家的技术支持部分，由他们在网上对仪器进行诊断，提供解决方案，甚至工程师可以通过网络远控的方式直接排除故障。

    帮助方式
    很多仪器设计了很多故障自动诊断和帮助方式。早期的仪器一般是将仪器可能出现的各种故障和解决方法通过用户手册的方式提供，目前更先进的方法是仪器可自动提供诊断报警，用符号表达或用文字直接表达，或按帮助键后自动列出并提供解决故障的参考方法。目前不少国产血细胞分析仪更将整个操纵说明和故障诊断等各项帮助程序存进系统中，可以方便的使用检索方式或链接方式找到各项目地说明和帮助，甚至提供动画方式对原理和仪器维护进行演示，提供各种散点图的模式和先容。