全自动生化分析仪的分析方法首先是基于常规生化实验室的基本方法，如终点法、连续监测法和比浊法等。由于全自动生化分析仪使用了高新技术，使这些方法得到了扩展，也使得该医疗设备使用范围越来越广泛。终点法包括单波长、双波长终点法和比浊法；一点终点法和二点终点法等。连续监测法可分为二点速率法和多点速率法、测定用波长可选为单波长、双波长或多波长。校正方法有二点校正、多点校正、线性、非线性等。

1. 终点分析法
     终点分析法是基于反应达到平衡时反应产物的吸收光谱特征及其对光吸收强度的大小，对物质进行定量分析的一类方法，它是实验室最常用的方法之一。终点分析法可分为一点终点法和两点终点法，两点终点法可以用一种试剂，也可以用两种试剂，是生化自动分析仪近年来广泛采用的分析方法。为消除非成色反应形成的吸光度值，减少样品的颜色和浊度所产生的影响，自动生化分析仪常采用双波长法用于检测。

2. 连续监测法
     测定底物的消耗或产物天生速度的化学方法称为连续监测法，又称动态分析法、速率法或动力学法。仪器连续测定酶促反应过程中某一反应产物或底物的浓度随时间变化的多点数据，求出酶反应初速度，间接计算酶活性浓度。因其可观察反应的过程，相对减少了误差，大大进步了分析速度和正确性。自动分析的动态分析法主要适用于酶活性及其代谢产物的测定。其检测方法都是在反应的线性期进行连续观察，计算出单位时间内吸光度值。其具体方法有两点速率法和多点速率法。
     透射比浊分析和均相酶免疫分析法是近年随着检验技术、分子生物学和标记技术的发展，应用于生化自动分析仪测定的新方法。